A maioria das contaminações ocorrem pela ação do usuário executando o arquivo infectado recebido como um anexo de um e-mail. A segunda causa de contaminação é por Sistema Operacional desatualizado, sem a aplicação de corretivos, que poderiam corrigir vulnerabilidades conhecidas dos sistemas operacionais ou aplicativos, que poderiam causar o recebimento e execução do vírus inadivertidamente.
Ainda existem alguns tipos de vírus que permanecem ocultos em determinadas horas, entrando em execução em horas especificas.
Fonte: http://pt.wikipedia.org/wiki/V%C3%ADrus_de_computador
Spywares
São basicamente cavalos de tróia, sua função é a coleta de dados em seu computador. Eles normalmente vem quando você clica em alguma propaganda de algum site duvidoso, pode pega-los também em programas de compartilhamento de arquivos, ou em programa que instale em seu computador, e etc. Por isso tenha o seu anty spyware sempre atualizado.

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